一、 什么是PCR實(shí)驗(yàn)室
PCR 是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction)的簡稱。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)也可以 當(dāng)作一項(xiàng)極其重要的酶促合成 DNA 技術(shù)。PCR 又稱為無細(xì)胞克隆系統(tǒng)或特異性 DNA 序列體外引物定向酶促擴(kuò)增法,是基因擴(kuò)增技術(shù)的一次重大革新,它可將極微量的靶 DNA 特異地?cái)U(kuò)增上百萬倍。聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)是在 DNA 聚合酶催化下,以母鏈 DNA 為模板以特定引物為延伸起點(diǎn),通過變性、退火、延伸等步驟,體外復(fù)制出與母鏈模板 DNA 互補(bǔ)的子鏈 DNA 的過程。是 一項(xiàng) DNA體外合成放大技術(shù),能快速特異地在體外擴(kuò)增任何目的 DNA。可用于基因分離克隆,序列分析,基因表達(dá)調(diào)控,基因多態(tài)性研究等許多方面。一對合成 DNA 的引物經(jīng)過高溫變性、低溫退火和中溫延伸三個階段為一個循環(huán),每一次循環(huán)使特異區(qū)段的基因拷貝數(shù)放大一倍,一般樣品是經(jīng)過 30 次循環(huán),最終使基因放大了數(shù)百萬倍; 將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳,經(jīng)溴化乙錠染色,在紫外燈照射下肉眼能見到擴(kuò)增特異區(qū)段的 DNA 帶。
二、PCR實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)原則(以非洲豬瘟檢測PCR實(shí)驗(yàn)室為例):
1、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室的選址:
符合國家檢測實(shí)驗(yàn)室的相關(guān)規(guī)定,具體適用于屠宰場來說,可選擇辦公樓或者獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)室空間,選址絕對不能和屠宰線相通,如果實(shí)驗(yàn)室陽性對照污染,會污染整個屠宰生產(chǎn)線,勢必對屠宰場造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。
個別不專業(yè)的實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)建造公司因?yàn)椴涣私夥侵挢i瘟檢測實(shí)驗(yàn)室的檢測流程,造成設(shè)計(jì)布局不合理,對后期開展工作造成很大的不便及生物安全隱患。
2、主體結(jié)構(gòu):
目前實(shí)驗(yàn)室的主體多為彩鋼板、鋁合金型材。室內(nèi)所有陰角、陽角均采用鋁合金R50內(nèi)角鋁,從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。并且彩鋼板結(jié)構(gòu)牢固,線條簡明,美觀大方,密封性好。
3、標(biāo)準(zhǔn)的四區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié):
將 PCR 過程分成試劑準(zhǔn)備、標(biāo)本制備和 PCR 擴(kuò)增區(qū)及產(chǎn)物分析檢測區(qū)四個獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)區(qū)。整個區(qū)域有一個整體緩沖走廊。每個獨(dú)立實(shí)驗(yàn)區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū),同時各區(qū)通過氣壓調(diào)節(jié), 使整個 PCR 實(shí)驗(yàn)過程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴(kuò)增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染。
另外:
PCR 實(shí)驗(yàn)室根據(jù)使用儀器的功能合理設(shè)置各個工作區(qū)域,如采用聚合酶聯(lián)反應(yīng):則設(shè)置試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)四個單獨(dú)的工作區(qū)域,這是最常用的分區(qū)方式。樣品需要粉碎處理的,還需增設(shè)樣品粉碎區(qū);若使用實(shí)時熒光 PCR 法:基因擴(kuò)增區(qū)、基因產(chǎn)物分析區(qū)可以合并在一個房間內(nèi);采用標(biāo)本處理、核酸提取及擴(kuò)增檢測為一體的全自動化 PCR 分析儀,則標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可合并為一個區(qū)域,因此 PCR 實(shí)驗(yàn)室原則上設(shè)置五個區(qū)或四個區(qū)或三個區(qū)或二個單獨(dú)的工作區(qū)。
核酸擴(kuò)增前區(qū)和核酸擴(kuò)增后區(qū)可設(shè)在一個房間內(nèi),但必須在滿足下列要求的前提下:
a. 核酸擴(kuò)增前區(qū)實(shí)驗(yàn)室內(nèi)設(shè)置兩個不同位置的實(shí)驗(yàn)區(qū),試劑配置在超凈工作臺中操作,樣品處理在生物安全柜內(nèi)操作。
b. 在核酸擴(kuò)增后區(qū)使用全封閉的擴(kuò)增和檢測系統(tǒng),如實(shí)時熒光 PCR 儀等。
c. 每個實(shí)驗(yàn)人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d. 在實(shí)驗(yàn)前后對操作區(qū)域和共享器具進(jìn)行清潔及消毒。
e. 各區(qū)域的試劑、器具、儀器和設(shè)備為該區(qū)專用,不得交叉使用。
4、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室的布局:
非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室用的儀器為熒光定量PCR,因此核酸擴(kuò)增和分析在一個區(qū),實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)需要如下功能房間:PCR緩存走廊、帶緩存間的配液室、帶緩存間的樣品處理室、帶緩存間的核酸擴(kuò)增分析區(qū)及實(shí)驗(yàn)室用具消毒室。
5、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室生物安全保護(hù):
理論上講非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室是BSL-2 生物安全實(shí)驗(yàn)室,需要配置二級生物安全柜,推薦選擇70%外排,30%內(nèi)循環(huán),各功能房間緩存設(shè)置更衣柜和消毒器,各區(qū)的實(shí)驗(yàn)服專用,物料流通需要配置帶紫外線的互鎖的傳遞窗,實(shí)行人流物流分開設(shè)置。
6、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室消毒:
在三個實(shí)驗(yàn)區(qū)和三個緩沖區(qū)頂部以及傳送窗內(nèi)部安裝有紫外燈,供消毒用。
在試劑準(zhǔn)備區(qū)和標(biāo)本制備區(qū)還設(shè)置移動紫外線燈,對實(shí)驗(yàn)桌進(jìn)行局部消毒。
7、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室機(jī)械連鎖不銹鋼傳遞窗:
試劑和標(biāo)本通過機(jī)械連鎖不銹鋼(不建議使用電子連鎖方式)傳遞窗傳遞,保證試劑和標(biāo)本在傳遞過程中不受污染(人物分流)。
8、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室地面
地面建議使用 PVC 卷材地面或自流坪地面,整體性好。便于進(jìn)行清掃,耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面,或大塊的瓷磚(至少 800mm×800mm)接縫需要小于 2mm。
9、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室照明
燈具要選用凈化燈具,能達(dá)到便于清洗、不積塵的特點(diǎn)。
三、空氣流與壓差要求
PCR 實(shí)驗(yàn)室的空氣流向必須嚴(yán)格按照試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增區(qū)→擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)空氣壓力逐漸遞減方式進(jìn)行,防止擴(kuò)增產(chǎn)物順空氣氣流進(jìn)入擴(kuò)增前的區(qū)域。風(fēng)速流向不得混亂。
為了保證房間內(nèi)的壓差和避免污染,應(yīng)在空調(diào)面板處寫清楚送風(fēng)機(jī)和排風(fēng)機(jī)的開啟順序和關(guān)閉順序,先后順序不得混亂。
空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應(yīng)大于 5 帕,潔凈室(區(qū))與室外大氣的靜壓差應(yīng)大于 10 帕,應(yīng)配備監(jiān)測靜壓差的設(shè)備,并定期監(jiān)控。
一般情況下,試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓,以防外界含核酸氣溶膠的空氣進(jìn)入,造成污染;可以通過控制進(jìn)風(fēng)風(fēng)量大于排風(fēng)風(fēng)量達(dá)到正壓效果。
核酸擴(kuò)增室及產(chǎn)物分析室應(yīng)呈微負(fù)壓,以防含核酸的氣溶膠擴(kuò)散出去污染試劑與樣品,可以通過控制排風(fēng)風(fēng)量大于進(jìn)風(fēng)風(fēng)量達(dá)到負(fù)壓效果。
在理想情況下,PCR 實(shí)驗(yàn)室緩沖間內(nèi),可設(shè)置正壓,使室內(nèi)空氣不流向室外,室外空氣不流向室內(nèi)。PCR實(shí)驗(yàn)室進(jìn)風(fēng)由原有中央空調(diào)控制的要求將中央空調(diào)風(fēng)口安裝到指定定點(diǎn)。
四、實(shí)驗(yàn)室設(shè)施要求:
實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)設(shè)施設(shè)計(jì):包括實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)裝修、實(shí)驗(yàn)室凈化工程、實(shí)驗(yàn)室供排水工程、實(shí)驗(yàn)室電路系統(tǒng)。
1)實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)裝修需要潔凈天花、地板、隔斷,合理設(shè)置緩存間及配置凈化門、觀察窗、傳遞窗等。
2)實(shí)驗(yàn)室凈化工程 實(shí)驗(yàn)室應(yīng)配備單獨(dú)送排風(fēng)設(shè)施,試劑配置區(qū)、核酸提取區(qū)和擴(kuò)增分析區(qū)應(yīng)配備凈化系統(tǒng)。
3)實(shí)驗(yàn)室供排水工程包括非手動水龍頭、不銹鋼或PP水池和緊急淋浴器及供排水管線管路。
4)實(shí)驗(yàn)室電路系統(tǒng):根據(jù)儀器的功率配置合適的功率,特別注意高壓滅菌鍋的功率,注意實(shí)驗(yàn)室用電安全。
5)配備適用的應(yīng)急器材,如應(yīng)急照明設(shè)備、消防器材、意外事故處理器材等。
五、實(shí)驗(yàn)室儀器及設(shè)備
1)更衣室儀器及設(shè)備:更衣柜或掛衣架、鞋柜以及消毒器和烘干器。
2)配液室儀器及設(shè)備:國鉉超凈工作臺、冰箱、小型離心機(jī)、旋渦振蕩器、微量移液器等。
3)樣品處理室儀器及設(shè)備:離心機(jī)、組織研磨機(jī)、Ⅱ級生物安全柜、恒溫水浴鍋、冰柜等、可移動紫外消毒器。
4)核酸提取室儀器及設(shè)備:核酸提取儀、Ⅱ級生物安全柜、恒溫水浴鍋、小型離心機(jī)、微量移液器、可移動紫外消毒器等。
5)擴(kuò)增分析區(qū)儀器及設(shè)備:熒光定量PCR儀、電腦、打印機(jī)、不間斷電源、可移動紫外消毒器等。
6)消毒洗滌室:高壓滅菌器、干燥箱、器皿柜等。
六、實(shí)驗(yàn)室面積及設(shè)備間距
一般來說各房間的面積沒有嚴(yán)格要求,只需能放置所需儀器設(shè)備,并且便于人員操作即可,但是有生物安全柜的房間面積不能小于10平米,并且每增加一臺生物安全柜,房間就要增加 10 平米。各實(shí)驗(yàn)室緩沖間的面積一般為 1300*(1300 或 1500)mm 為宜,并且緩沖間的面積不能 大于實(shí)驗(yàn)室房間面積的 1/8。
在做平面設(shè)計(jì)的時候,首先要考慮的因素是就是“安全”,實(shí)驗(yàn)室是最易發(fā)生爆炸、火災(zāi)、毒氣泄露等的場所。我們在做平面設(shè)計(jì)的時候,應(yīng)盡量地要保持實(shí)驗(yàn)室的通風(fēng)流暢、逃生通道暢通。根據(jù)國際人體工程學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)。
我們做如下的劃分以供參照:
實(shí)驗(yàn)臺與實(shí)驗(yàn)臺通道劃分標(biāo)準(zhǔn)(通道間隔用 L 表示)
L>500mm 時,一邊可站人操作;
L>800mm 時,一邊可坐人操作;
L>1200mm 時,一邊可坐人,一邊可站人,中間不可過人;
L>1500mm 時,兩邊可坐人,中間可過人;
L>1800mm 時,兩邊可坐人,中間可過人可過儀器
天平臺、儀器臺不宜離墻太近,離墻 400mm 為宜。為了在工作發(fā)生危險(xiǎn)時易于疏散,實(shí)驗(yàn)臺間的過道應(yīng)全部通向走廊。另:實(shí)驗(yàn)室建筑層高宜為 3.7 米-4.0 米為宜,凈高宜為2.7米-2.8 米,有潔凈度、壓力梯度、恒溫恒濕等特殊要求的實(shí)驗(yàn)室凈高宜為 2.5 米-2.7 米(不包括吊頂);實(shí)驗(yàn)室走廊凈寬宜為 2.5 米-3.0 米.普通實(shí)驗(yàn)室雙門寬以 1.1 米-1.5 米(不對稱對開門)為宜,單門寬以 0.8 米-0.9 米為宜。
七、潔凈裝修要求
潔凈室(區(qū))的內(nèi)表面應(yīng)平整光滑、無裂縫、接口嚴(yán)密、無顆粒物脫落,并能耐受清洗
和消毒,墻壁與地面的交界處宜成弧形或采取其他措施,以減少灰塵積聚和便于清潔。
潔凈室(區(qū))內(nèi)各種管道、燈具、風(fēng)口以及其他公用設(shè)施,在設(shè)計(jì)和安裝時應(yīng)考慮使用中
避免出現(xiàn)不易清潔的部位。
潔凈室(區(qū))的窗戶、天棚及進(jìn)入室內(nèi)的管道、風(fēng)口、燈具與墻壁或天棚的連接部位均應(yīng)
密封。
八、人流路徑與物流路徑
進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室區(qū)域工作人員應(yīng)該按照以下路徑:
公共清潔區(qū)——更衣間(更換潔凈服)——緩沖間——污染實(shí)驗(yàn)區(qū)
工作人員退出實(shí)驗(yàn)室的路徑為:
污染試驗(yàn)區(qū)——緩沖間——淋浴間(有條件的可設(shè)置)——更衣間——公共清潔區(qū)
所有的物品進(jìn)入實(shí)驗(yàn)區(qū)必須經(jīng)過雙扉互鎖傳遞窗,利用傳遞窗消毒后才可進(jìn)入,實(shí)驗(yàn)室
內(nèi)所有物品的也必須經(jīng)過傳遞窗才可以傳遞到實(shí)驗(yàn)室以外的清潔公共區(qū)。
門的開啟方向
實(shí)驗(yàn)室建筑層高宜為 3.7 米-4.0 米為宜,PCR 實(shí)驗(yàn)室凈高宜為 2.5 米-2.7 米(不包括吊頂);實(shí)驗(yàn)室走廊凈寬宜為 2.5 米-3.0 米.普通實(shí)驗(yàn)室雙門寬以 1.1 米-1.5 米(不對稱對開門)為宜,單門寬以 0.8 米-0.9 米為宜。
一般實(shí)驗(yàn)室門主要向里開,但如有危險(xiǎn)的房間,房門應(yīng)朝外開,房門材質(zhì)最好選擇壓力
玻璃。
有壓差梯度的房間,門的開啟方向應(yīng)朝向正壓方向一側(cè)開啟;
考慮到消防安全,對于那些主要逃生門的開啟方向應(yīng)朝向清潔區(qū)方向開啟。
九、工作服要求
在凈化車間內(nèi)工作的人員應(yīng)穿著符合要求的工作服。工作服的選材、式樣及穿戴方式應(yīng)與生產(chǎn)操作和空氣潔凈度級別要求相適應(yīng),并不得混用。潔凈工作服的質(zhì)地應(yīng)光滑、不產(chǎn)生靜電、不脫落纖維和顆粒性物質(zhì)。無菌工作服必須包蓋全部毛發(fā)、胡須及腳部,并能阻留人體脫落物。不同空氣潔凈度級別使用的工作服應(yīng)當(dāng)分別清洗、整理,必要時消毒或滅菌。工作服洗滌、滅菌時不應(yīng)帶入附加的顆粒物質(zhì)。工作服應(yīng)制定清洗周期。
進(jìn)入各個區(qū)域必須嚴(yán)格按照單一方向進(jìn)行,不同的工作區(qū)域使用不同的工作服(例如不同的顏色)。工作人員離開時,不得將工作服帶出。
實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立、執(zhí)行人員進(jìn)出潔凈區(qū)的清潔程序和管理制度,人員清潔程序合理。
十、人員培訓(xùn)
配備至少兩名專業(yè)實(shí)驗(yàn)員,能夠獨(dú)立處理樣品、提取核酸及核酸擴(kuò)增,熟練掌握超凈工作臺、生物安全柜、自動提取儀、實(shí)時熒光定量PCR的使用,加強(qiáng)生物安全方面的培訓(xùn),避免實(shí)驗(yàn)室污染。
附:非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室要求參考
一、非洲豬瘟
非洲豬瘟(African swine fever, ASF)是由非洲豬瘟病毒(ASFV)引起豬的一種急性、熱性、高度接觸性動物傳染病,臨床上以高熱、網(wǎng)狀內(nèi)皮系統(tǒng)出血和高死亡率為特征,易感豬群的病死率高達(dá)100%。世界動物衛(wèi)生組織(OIE)將其列為法定報(bào)告動物疫病,我國將其列為一類動物疫病。目前,針對非洲豬瘟防控,尚無有效的商品化疫苗,防控重點(diǎn)是做好生物安全管理和早期診斷撲殺凈化。
二、非洲豬瘟感染規(guī)律
源于:《FAO動物生產(chǎn)與衛(wèi)生手冊——非洲豬瘟:發(fā)現(xiàn)與診斷》
ASF自然感染潛伏期為4-19天。
最急性和急性感染通常在4-10天死亡。
在臨床癥狀出現(xiàn)的2天前,ASF感染動物開始散播大量病毒。
感染后7-9天血清轉(zhuǎn)陽,抗體持續(xù)很長時間,可持續(xù)終生。
三、非洲豬瘟檢測實(shí)驗(yàn)室設(shè)備儀器配置方案
用于非洲豬瘟病毒檢測的實(shí)驗(yàn)室,推薦配置以下設(shè)備:II級生物安全柜、混勻儀(渦旋振蕩器)、高速離心機(jī)、金屬浴或恒溫水浴鍋、組織破碎儀(均質(zhì)器/勻漿儀)、移液器、冷藏冷凍冰箱、高壓滅菌鍋。同時,建議實(shí)驗(yàn)室配備合適的個人防護(hù)用品,如防護(hù)服、手套、口罩等。
1. II級生物安全柜:提供無菌環(huán)境用于處理組織樣品等(避免外部環(huán)境污染樣品),同時保證病毒不向?qū)嶒?yàn)室環(huán)境擴(kuò)散(保證人員和環(huán)境安全)。
2.高速離心機(jī):用于血清的分離和樣品的處理的分離。
3. 金屬浴或恒溫水浴鍋:提供恒溫環(huán)境,用于樣品處理過程中的裂解過程。建議選擇帶有震蕩功能的設(shè)備,或者配備單獨(dú)的混勻儀(渦旋振蕩器)。
4.組織破碎儀(均質(zhì)器/勻漿儀):根據(jù)樣品類型選擇便攜式組織破碎儀或者高通量組織破碎儀等(在用組織檢測時使用)。
5. 移液器:用于實(shí)驗(yàn)過程中的微量體積加樣。
6.冷藏冷凍冰箱:用于樣品、試劑盒試紙等儲存,建議定期監(jiān)測冰箱溫度。
7.高壓滅菌器:用于實(shí)驗(yàn)結(jié)束后樣品及用具的滅菌處理,避免樣品帶有病毒時泄露導(dǎo)致疫情擴(kuò)散。
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